O marco inicial do Santuário Menino Jesus de Praga aconteceu no dia 19 de março de 1967, com uma missa na residência do senhor Gilberto Parada, celebrada pelo Monsenhor Antônio Mariano da Silva Camargo, vigário da paróquia Nossa Senhora das Dores. A partir daí as missas dominicais passaram a ser realizadas em um barracão emprestado pela prefeitura no local onde está hoje o salão de festas.

Em 11 de fevereiro de 1968 foi abençoado o local da futura capela e a 20 de janeiro de 1971 foi lavrada a escritura de compra e venda do terreno e, finalmente, os primeiros alicerces foram erguidos: a concretização de um antigo sonho. Para ajudar na construção, o Monsenhor Antônio Mariano da Silva Camargo vendeu a antiga capela de São Sebastião, que ficava no Cambuí. Com isso, e com o esforço e dedicação dos pioneiros, a construção do Santuário correu a todo vapor. Finalmente o Santuário foi inaugurado a 25 de dezembro de 1973, com a bênção e celebração da Santa Missa por Dom Antônio Maria Alves de Siqueira, arcebispo de Campinas.

Após a inauguração da igreja as missas eram celebradas regularmente nos finais de semana por um padre da Paróquia Nossa Senhora das Dores, a que o Santuário esteve canonicamente ligado e dependente desde sua fundação até sua ereção em Santuário Arquidiocesano. Normalmente vinha celebrar o atual Côn. José Luiz Nogueira Castro, então vigário paroquial da Nossa Senhora das Dores.

A 13 de novembro de 1978, porém,assumiu a direção da Igreja, de forma permanente, Monsenhor Fernando de Godoy Moreira, que ficou à frente do Santuário até outubro de 1999. Aos poucos, Monsenhor Fernando transformou a capela no antigo loteamento do DAE no Santuário do Menino Jesus de Praga com todas as atuais edificações anexas.

O Santuário possui, hoje, a estrutura de uma verdadeira Paróquia, com uma grande secretaria, uma casa paroquial, várias pastorais, equipes de trabalho, a creche Menino Jesus de Praga, em novas instalações (que é a menina dos olhos de todos os freqüentadores do Santuário), bem como a Ação Social São Tiago, tão ativa na ajuda a famílias necessitadas.

Após mais de 20 anos de dedicação ao Santuário Menino Jesus de Praga, Monsenhor Fernando de Godoy Moreira assumiu a Paróquia de Santa Rita de Cássia, sendo nomeado para Reitor do Santuário o Padre José Luís Araújo, em 23 de outubro de 1999. O Padre José Luís esteve à frente de todos os trabalhos do Santuário até o dia 23 de setembro de 2001. E como sinal daquele que serve a Deus, trouxe à comunidade novas orientações sempre fundamentadas no mesmo espírito de união fraterna tão desejada pelos cristãos. Procurou dar consistência à caminhada na linha preconizada pelo Concílio Vaticano II, incentivando a participação de toda comunidade nas decisões. Procurou ouvir sempre o Conselho de Pastoral da Comunidade para fazer crescer a responsabilidade de todos no trabalho evangelizador.

Em 2001 (setembro) Dom Gilberto Pereira Lopes nomeia o Padre Luiz Roberto Benedetti para assumir o lugar do Padre José Luís Araújo. Desde sua chegada colocou-se a serviço de todos com humildade e sabedoria. Como um verdadeiro servo de Deus que percorre sua caminhada de vida, realiza sua missão concreta na comunidade com espírito de serviço e doação. Sua preocupação foi dar continuidade ao trabalho desenvolvido, incentivando a busca de novos caminhos para os desafios pastorais da realidade urbana, fiel ao espírito do Concílio Vaticano II e das orientações da CNBB.

A 12 de fevereiro de 2011, D. Bruno Gamberini deu posse ao atual reitor, D. Mauro de Souza Fernandes, OSB. Sob sua orientação, por causa da exiguidade do espaço, aumento significativo do número de fiéis e o precário estado da edificação, foi demolida a capela construída por Mons. Mariano e em seu lugar foi erguida a atual igreja em 2017. Ela manteve a mesma arquitetura e vitrais da construção original, mas foi ampliada consideravelmente.

Decidida pelo Arcebispo D. João Inácio Müller, OFM, a cerimônia da dedicação da nova igreja e ereção a Santuário Arquidiocesano, originalmente marcada para 21 de março de 2021, devido às restrições impostas pelo poder público durante a pandemia da COVID, foi realizada, de fato, no dia de Santa Dulce dos Pobres, 13 de agosto do mesmo ano.

D. Mauro foi confirmado como reitor do novo Santuário Arquidiocesano. Seu grande empenho, atualmente, está focado no trabalho da construção de uma Igreja Sinodal. O Papa Francisco tem insistido muito numa caminhada de Igreja em que todo seu processo de estruturação e organização eclesiásticas, bem como em sua forma de ser e atuar, seja sinodal, isto é, participado por todos os fiéis da Comunidade, incluindo as contribuições de todos e de cada um. É um processo de muitas reuniões, encontros, formações e reelaboração de projetos pastorais.

No final de 2021 foi inaugurada a nova Capela do Santíssimo, edificada à direita da entrada da igreja. Procurou-se, assim, ampliar o espaço para a oração dos fiéis diante de Jesus Sacramentado.